果肉が浮いたり沈んだりするのは、果肉と周囲のゼリーの比重差が主な原因です。 この比重差は果肉中の空気が抜けきっていないことや糖が浸透していないことからおきます。果肉の糖漬けや真空処理工程をしっかり踏むことで改善することができます。また比重差以外の条件でも果肉の浮き（沈殿）を防ぐことができます。詳しくは以下の表をご参考ください。

原因	解決策
糖の平衡が悪い	・事前に果肉の糖付け処理をおこなう ・事前に果肉の冷凍やスチーム処理をおこなう ・煮詰め時間・温度を調整する
果肉の脱気不足	・真空処理工程を踏む ・煮詰め時間を調整する ・撹拌力・時間を調整する ・グラニュー糖の代わりに液糖をつかう
充填温度が高すぎる	・充填温度を下げる
固まる温度が低すぎる	・HMペクチンの場合：pHを下げる、LMペクチンの場合：カルシウムを追加する ・糖度を上げる ・セット温度が高いペクチン（低糖度ジャム向けペクチン）を使う、または併用する
ペクチンの量が少ない	・ペクチンの量を増やす